מגזין הטכניון | סתיו 2022

23 חוקרות בפקולטה לרפואה ע”ש רפפורט פיתחו שיטה מהירה לאיתור מוטציות מחוללות סרטן ). עומס זה הוא מדד יעיל בניבוי התפתחות TMB ( סרטנית, בחיזוי יעילותם של טיפולים אימונותרפיים שונים ובהערכת סיכויי ההישרדות של המטופל. אבחון מוטציות סרטניות בכלל, והערכת העומס המוטציוני בגידול בפרט, נעשים בדרך כלל על ידי השוואת תוצאות הריצוף הגנומי של תאי גידול לתוצאות ריצוף די-אן-איי של תאים בריאים מגופו של המטופל. לכן דרושים שני “מסלולי ריצוף” המייקרים את התהליך. יתר על כן, במקרים מסוימים דגימות הדי- אן-איי מהרקמות הבריאות אינן זמינות. בפרסום קודם שלה מתקופת הפוסט-דוקטורט במכון ברוד דיווחה ד”ר יצחק על פיתוח טכנולוגיית , המאפשרת מדידה מדויקת של RNA - MuTect מוטציות באר-אן-איי של הגידול תוך השוואה לרקמה הבריאה. לדברי ד”ר יצחק, “במחקרים שלנו ראינו שהרבה מהמוטציות בדי-אן-איי אינן עוברות לאר-אן- איי, ולכן בדיקת האר-אן-איי משקפת טוב יותר את המציאות, כלומר את מצבם של החלבונים המוטנטיים המיוצרים על סמך הקוד הגנטי.” במאמר הנוכחי מציגה הקבוצה פריצת דרך נוספת - אנליזת אר-אן-איי של המוטציות ללא צורך בדגימת בקרה מהרקמה הבריאה. הטכנולוגיה החדשה קרויה והיא מבוססת על אנליזה ,RNA-MuTect-WMN של נתוני הדגימה באמצעים מתקדמים של למידה חישובית. מאפשרת להבחין RNA-MuTect-WMN טכנולוגיית בין מוטציות תורשתיות למוטציות סומטיות - הבחנה חשובה מאוד מבחינה יישומית. מוטציות תורשתיות ) הן שיבושים בחומר germline mutations ( הגנטי שהאדם ירש מהוריו או מאחד מהם, ולכן הן somatic נמצאות בכל תאי הגוף. מוטציות סומטיות ( ) הן שיבושים ספונטניים בתאי הגוף mutations במהלך החיים, ולכן הן נמצאות רק בחלק מהתאים. כאשר מוטציות סומטיות נצברות בגנים מחוללי סרטן ) הן עשויות להוביל להתפתחות גידולים drivers ( ממאירים, ולכן חשוב לזהותן בשלב מוקדם ולהתאים על פיהן את הטיפול. מוטציות סומטיות משפיעות גם על ההטרוגניות של הגידול - העובדה שבתוך הגידול יש תאים סרטניים שונים. הטרוגניות היא אחת הסיבות לכך שרבים מהגידולים עמידים לטיפולים אנטי-סרטניים, ולכן הזיהוי המדויק של מוטציות סומטיות חיוני להתאמה אישית של הטיפול. לדברי ד”ר יצחק, “הראינו שהטכנולוגיה החדשה שפיתחנו מספקת נתונים מדויקים על אופי המוטציה על סמך ריצוף אר-אן-איי של הגידול בלבד - כלומר בלי צורך בריצוף די-אן-איי של הגידול וריצוף כלשהו של הרקמה הבריאה. שיפור זה, המבוסס על למידה חישובית, מפשט את התהליך, מקצר אותו ומוזיל אותו ללא פגיעה ברמת הדיוק של האנליזה. כמו כן הראינו כי אפשר להעריך את העומס המוטציוני על בסיס התחזיות שלנו, וכך לנבא תגובה לטיפול אימונותרפי ולזמן השרידות של המטופל. במחקר אומנם התמקדנו בשלושה סוגי סרטן, אבל אנחנו מעריכות שהטכנולוגיה תימצא יעילה גם בסוגי סרטן נוספים.”