הקרן לבריאות וסביבה | מענקים ומלגות | אוסף תקצירים 2014-2008

19 מענקי מחקר רב שנתיים הוא חיידק מימי פולשני, קטלני ביותר לאדם. הזיהום נגרם מאכילת מזון Vibrio vulnificus 2 הן קוסמופוליטיות, +1 נגוע או מפצעים בעור. באוכלוסיית החיידק יששלוש קבוצות: קבוצות ואילו קבוצה 3 נמצאה עד כה רק בישראל; היא מקושרת בעיקר לדגי אמנון ומוגדרת זן אלים חדש שכנראה התפתח בישראל. מחקר סביבתי וגנומי שערכנו לאחרונה בבריכות דגים מצביע . clade A על קיומה של תת קבוצה אלימה חדשה, מטרת המחקר הייתה לעקוב אחר התפתחות זני חיידקים אלימים חדשים ולמצוא את מקור המאגר הטבעי של החיידק בישראל. במחקר זה אופיינה השונות הגנטית באוכלוסיית החיידק ממקורות מים שונים, ובוצע מחקר אפידמיולוגי לבירור הקשר בין התבדידים הקליניים והסביבתיים. פיתחנו שיטת אפיון גנומית מולקולרית חדשנית לזיהוי מהיר ולסיווג , ריצוף SSR מדויק של החיידק, המבוססת על שלוש טכנולוגיות: רצפי מיקרולווינים - ייעודי המאפשר אפיון גנטי של זנים רבים microarray ומערך MLST גנים שמורים - .) SNP באתרים גנומיים רבים מאוד בעת ובעונה אחת, והוא מבוסס על שונות בבסיס יחיד ( 452 זנים מקבוצות החיידק השונות אשר בודדו במהלך 83 השנים האחרונות, ממקומות המפוזרים על פני SNPs שכלל 075 microarray שונים בעולם, אופיינו גנטית באמצעות ה הגנום החיידקי. הממצאים הוכיחו כי הטכנולוגיה הגנטית שפותחה יעילה ומדויקת בזיהוי ובאפיון של זנים. כמו כן הטכנולוגיה מאפשרת גישה אופטימלית למחקר אפידמיולוגי, פילוגנטי ואבולוציוני clade A של החיידק. ניתוח פילוגנטי של נתוני השונות בין 452 הזנים הראה כי קבוצות 3 ו שהתהוו לאחרונה, ואילו קבוצה 1 רבגונית מאוד. clones נראות כשתי קבוצות שבטיות - היא קבוצה חדשה שהופיעה בקליניקה בשנים האחרונות. ניתוח של נתוני clade A עם רצף הגנום של זן מקבוצה 3 אשר נקבע לאחרונה מאפשר לנו מעקב microarray ה מפורט אחר דרך היווצרותם של זנים אלימים חדשים בסביבה. ניתוח הנתונים מציע כי קבוצה 3 נוצרה על בסיס גנום חיידק מקבוצה 1 אשר רכש גנים ממיני חיידקים אחרים, כגון את אותה נישה אקולגית. זוהי תופעה חוזרת V. vulnificus , החולקים עם Shewanella . clade A , והיא האחראית להופעתן של קבוצות פתוגניות חדשות כגון V. vulnificus ב תוצאות אלו מדגישות את השינויים הגנטיים המהירים של חיידקים פתוגניים בנישה האקולוגית הטבעית שלהם, במקרה זה - בבריכות הדגים בישראל. הופעתן של קבוצות פתוגנים חדשים עלולה להיגרם, בין השאר, מרמות גבוהות של הביומסה האורגנית בחוות מדגה ומההתחממות הגלובלית. ההתערבות המתמשכת בנישות האקולוגיות מסוג זה דורשת מאתנו מוכנות מתמדת להתמודד עם סיכונים כאלה בעתיד. פרסומים (1) Broza, Y.Y., Danin-Poleg, Y., Lerner, L., Valinsky, L., Broza, M., & Kashi, Y. (2009). Epidemiological study of Vibrio vulnificus infections by using variable number tandem repeats. Emerging Infectious Diseases, 15( 8), 1282-1285. (2) Broza,Y.Y., Raz, N., Lerner, L., Danin-Poleg,Y., & Kashi,Y. (2012). Genetic diversity of the human pathogen Vibrio vulnificus: A new phylogroup. International Journal of Food Microbiology, 153 , 436–443. (3) Danin-Poleg, Y., Elgavish, S., Raz, N., Efimov, V., & Kashi, Y. (2013). Genome sequence of the pathogenic bacterium Vibrio vulnificus biotype 3 strain. Genome Announcements, 1 (2), e00136-13. 2 מאיר ברוזה | 1 יחזקאל קשי 4 רותי ישי | 3 חנה שפרכר 1. הטכניון - מכון טכנולוגי לישראל 2. אוניברסיטת חיפה - אורנים 3. המרכז הרפואי רמב"ם 4. משרד הבריאות 2012-2008 Vibrio vulnificus אפיון גנטי, ניטור סביבתי ואפידמיולוגיה של החיידק האלים במקורות מים