23 מגזין המים הישראלי הנדסת מים של אורגניזמים חריגים כמו עלוקות או שבלולים זרים, ועוד. לכל אלה יש להוסיף שינויים מעשה ידי אדם שיצרו אילוצים ארוכי טווח: בניית הסכר ), הטיית המעיינות 1964( “ ), הפעלת ה“מוביל הארצי 1933( בדרום האגם .)1997( ) ופרוייקט החולה 1957( ), ייבוש החולה 1967( המלוחים בטבחה מה קרה לאיכות המים ועד כמה זה קשור למפלס השפעתם של מרבית האירועים האקולוגיים החריגים הייתה קצרת טווח, לחודשים ספורים בלבד. שינויים אקולוגיים ארוכי טווח ומרחיקי לכת באגם היו שניים עיקריים:האחד השפיע משמעותית על איכות המים (מאזן נוטריאנטים), והשני, ירידת המפלס, שהיה קשור בעיקר לאספקת מים לפני ההתפלה ובמידה מסוימת גם לאיכות המים (מליחות). השינוי של 90– האקולוגי המשמעותי שהתרחש בכנרת נחשף באמצע שנות ה המאה הקודמת כאשר הכנרת הפכה ממערכת מוגבלת זרחן למוגבלת חנקן והופיעו החיידקים הכחוליים (נקראו בעבר אצות כחוליות). בתקופה שקדמה לו הלכה ופחתה אספקת החנקן לאגם ושפיעת הזרחן אל הכנרת לא השתנתה אלא אפילו עלתה במקצת. שינויים אילו במאזן המזינים (נוטריאנטים) גרמו למהפך אקולוגי באגם. שלטון האצות הגדולות (פרידיניום) נפסק ובמקומו השתלטו על המערכת חיידקים כחוליים. השינוי הזה פגע באיכות המים היות ובמבנה הקודם שלטו אצות שפרחו (התרבו מאד) במשך תקופה קצרה מפברואר עד יוני כל שנה. ניתן היה לסלק אותן אז באמצעים פשוטים וזולים מהמים שנשאבו מהאגם אל מערכת אספקתם ב:מוביל הארצי“. את החיידקים הכחוליים לעומת זאת קשה יותר לסלק מהמים המסופקים ובנוסף לכך, הם מופיעים במשך תקופות ארוכות יותר, והגרוע מכל, הם מפרישים רעלנים. הגורמים לשינויי בהרכב האצות הגורם העיקרי לשינויים הללו היה הטיפול המוצלח שעשתה המדינה באמצעות רשות (מקודם-נציבות) המים, מנהלת הכנרת (כיום-רשות ניקוז), משרד החקלאות, קק“ל, וגורמים נוספים בסילוק ביוב וצמצום שטח בריכות הדגים באגן ההיקוות של הכנרת (בעיקר בעמק החולה). טיפול זה נתן תוצאות וירדה כמות החנקן השופעת מאגן ההיקוות אל האגם אולם תוצאות מאכזבות יותר היו בקשר לכמות הזרחן. הרקע לכך הוא שחנקן מסופק לכנרת בעיקר ממקורות חיצוניים עליהם יש שליטה טובה יותר בשעה שמקורות הזרחן לאגם הם בעיקרם מתוך האגם עצמו, מהקרקעית, ושקיעה של אבק הנישא בסערות על ידי הרוח. יתר על כן, בגלל אופים הגיאו-כימי הטבעי של מי הכנרת שבהם ריכוז גבוה של סידן ודרגת ) גבוהה, זרחן שמגיע עם המים הזורמים מאגן ההיקוות שוקע pH חומציות ( מיד לקרקעית ובמקומו זרחן חדש יוכל לחזור לפעולה במים רק בתנאים מסוימים. נשאלת השאלה מדוע החנקן הרב שמצוי באדמות הכבול של עמק החולה לא הצליח למלא את החסר באספקתו לאגם? התשובה היא פשוטה: כדי שזה יקרה דרוש גשם ושטיפה על ידי מים שיוליכו את החנקן הזה לכוון האגם ושני דברים מנעו זאת, אחד טבעי ואחד מעשה ידי אדם: הקמת פרוייקט החולה ומערכת ה“אגמון“ הביאו לסילוק אותו חנקן שכבר נשטף על ידי המים. הגורם הטבעי היא הבצורת שגרמה לכך שפשוט חסרים מים לשטיפת החנקן מאדמות הכבול והובלתו אל הירדן והלאה לכנרת. לשינויים האקולוגיים הללו אין קשר ישיר לגובה המפלס שירד בראשיתו בגלל הבצורת והשאיבה, ומאוחר יותר לא עלה למרות שההתפלה גרמה להפסקת השאיבה אבל הבצורת נמשכה ומנעה תוספת מים טבעית. אין קשר ישיר בין השינוי במאזן הנוטריאנטים (חומרי ההזנה, חנקן וזרחן) שגרם לשינוי באוכלוסיית האצות (העלמות הפרידיניום והופעת החיידקים הכחולים) וגובה המפלס. יתר על כן, בזמן שהתרחש השינוי האקולוגי הזה (אמצע שנות התשעים) מפלסי הכנרת היו גבוהים. השינוי הדרמטי הזה במאזן הנוטריאנטים התרחש בגלל שינויים בהרכב ובזמינות של חומרי הדשן המזינים (נוטריאנטים) שבמים והוא זה שגרם לשנוי באצות. הירידה במפלס ועד כמה היא מדאיגה הדאגה של הציבור, שמקבלת עידוד בלתי מוצדק מהתקשורת, לכנרת מופנה בטעות לגובה המפלס במקום למצב הנוטריאנטים. כנרת במפלס נמוך הוא לא מראה מלבב אבל לחשוב שהאגם עלול להיעלם היא בהלה מיותרת. בהלה דומה בקשר לים המלח מוצדקת היות והוא אינו מקבל כל תוספת מים שהיא וההתאדות ממנו גבוהה הרבה יותר מזו של הכנרת. 3660 מטרים מתחת לפני הים הנפח שלה הוא 213 כשהכנרת במפלס של מיליון מטרים מעוקבים. אם החל מנקודה זאת לא תיכנס אל האגם אף לא טיפת מים אחת, לא מגשם, לא מזרימה עילית בנחלים, ולא מנביעות תת-מימיות ולא מכל מקור אפשרי אחר, וההתאדות תימשך בקצב שנים כדי 13- מליון מטרים מעוקבים לשנה) תידרשנה כ 280- עכשווי (כ שהכנרת תתייבש לחלוטין. כמובן שבמקרה קיצוני ודמיוני לחלוטין כזה המים הנותרים ילכו ויומלחו יותר ויותר. שני מחקרים שנעשו בשתי שיטות שונות, אחת גיאולוגית והשנייה מבוססת על שרידי אצות במשקעים, קבעו השנים האחרונות (הכנרת קבלה את צורתה הסופית לפני 9000 שבמשך שנים) המפלס השתנה במשרעת (אמפליטודה, המרווח בין 19,000- כ מטרים מתחת לפני 217- ל 197 מטר: בין 20 מקסימום למינימום) של (גדולה אף יותר ממה ׁ הים. במשך אלפי שנים המפלס עלה וירד בקיצוניות שמוכר לנו היום) והכנרת שרדה וקיומה האקולוגי - גיאוגרפי ככל הנראה לא עמד אף פעם בסכנה,(לפחות לא נשארו שרידים לכך). עובדה, כל חוקריה (ומשורריה) במשך מאות שנים מצאו אותה שלמה וקיימת. ליד קיבוץ מעגן ומכללת כנרת בצמח נחשף אי ועליו נמצאו אבני בנין שהובאו לשם לצורך הקמת מבנים כלשהם. לרשותם של אילו שעשו זאת לא היו מכשירי צלילה שנים. הם לא יכולים היו לפעול מתחת 1900- שנכנסו לשימוש רק כעבור כ לפני המים. בתקופה הקדומה כשמבנים אילו נבנו קו המים הדרומי של הכנרת עבר מצפון לאי הזה. בעיית המליחות והצורך להתמודד איתה ישנו גורם אחד שקשור לבצורת ולכן גם למפלס הנמוך דרך המאזן ההידרולוגי, וזו עליית המליחות. הנחלים ששופעים אל הכנרת מזרימים מזו של האגם. אם מתוך דאגה 10 לתוכה מים שהמליחות שלהם קטנה פי למפלס ייסגר הסכר ותהיה רק שאיבה מועטה תפעל הכנרת כמיכל מאסף הדאגה של הציבור, שמקבלת עידוד בלתי מוצדק מהתקשורת, לכנרת מופנה בטעות לגובה המפלס במקום למצב חומרי ההזנה חנקן וזרחן (הנוטריאנטים). כנרת במפלס נמוך הוא לא מראה מלבב אבל לחשוב שהאגם עלול להיעלם היא בהלה מיותרת